内蒙古自治区按照国家卫生计生委健康扶贫总体要求，在基层实施卫生室“三个一”工程，即每个村有1个60平方米3室分开的房舍、有1套健康一体机、有1名合格的乡村医生为群众服务，贫困旗县达到“三个一”建设标准的卫生室比例为93.3%，全区公共卫生服务能力大大提升。
一是加大贫困地区传染病、地方病、慢性病防控力度；扎实推进计划免疫，贫困地区免疫接种率达到95%以上；进一步提升12类45项基本公共卫生服务水平，贫困人口电子健康档案建档率达到93%；在贫困地区实施免费孕前优生健康检查、增补叶酸、孕产妇分娩补助和艾滋病、乙肝、梅毒母婴阻断、新生儿疾病筛查等项目，提升了贫困地区妇幼健康服务水平。
二是开展健康体检，助力精准推进。2017年共为60万贫困人口进行了免费体检，查出患病人口18余万人，将健康体检结果与健康扶贫“三个一批”行动计划推进有机结合起来，按照大病集中救治、慢病签约服务管理、重病兜底保障分类开展了患病贫困人口救治工作，进一步提高了健康扶贫效果。
三是全面加强基层医疗卫生体系建设。近年自治区安排地方债券资金4亿元、为38个贫困县安排2亿元，用于旗县医院在建工程、常规诊疗设备、信息化、远程医疗、特色专科专病、急诊急救等能力建设；近两年新建和改扩建贫困旗县医院19个、妇幼保健院7个，全区57个国家级和自治区级贫困旗县医院全部达到二级乙等服务水平，其中，30万以上人口贫困旗县二级甲等医院比例为96%。自治区各级财政安排了4.61亿元，建设完成了6285个标准化卫生室，在国家投入资金为卫生室配备5000余台健康一体机的同时，自治区财政投入1322万元购买了2000余台健康一体机配备到卫生室；2017年自治区预算内投入6300万元，新建扩建贫困旗县苏木乡镇卫生院33个，自治区财政利用地方债卷列支3亿元，为贫困旗县305所中心卫生院配备“DR、全自动生化分析仪、彩超”等设备，目前全区所有卫生院有87%达到标准化卫生院。